Index

_

__init__() (kompot.anndata.utils.RunInfo method)

A

adata (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute)

adjusted_run_id (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute) analysis_type (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute)

B

build_graph() (in module kompot.utils)

C

check_underrepresentation() (in module kompot) cleanup() (in module kompot) compare_with() (kompot.anndata.utils.RunInfo method) compute_differential_abundance() (in module kompot.anndata.differential_abundance)

compute_differential_expression() (in module kompot.anndata.differential_expression) compute_mahalanobis_distance() (in module kompot.utils) compute_mahalanobis_distances() (in module kompot.utils) (kompot.DifferentialExpression method)

D

DifferentialAbundance (class in kompot) DifferentialExpression (class in kompot)

direction_barplot() (in module kompot.plot) disk_storage (kompot.SampleVarianceEstimator attribute) dry_run_differential_expression() (in module kompot)

E

embedding() (in module kompot.plot)

environment (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute) estimator_type (kompot.SampleVarianceEstimator attribute)

F

field_names (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute) find_landmarks() (in module kompot.utils) find_optimal_resolution() (in module kompot.utils) fit() (kompot.DifferentialAbundance method), [1] (kompot.DifferentialExpression method) (kompot.SampleVarianceEstimator method)

function_predictor1 (kompot.DifferentialExpression attribute) function_predictor2 (kompot.DifferentialExpression attribute)

G

get_data() (kompot.anndata.utils.RunInfo method) get_field_status() (in module kompot)

get_summary() (kompot.anndata.utils.RunInfo method) group_predictors (kompot.SampleVarianceEstimator attribute)

H

heatmap() (in module kompot.plot)

K

kompot.anndata.differential_abundance module kompot.anndata.differential_expression module

kompot.utils module

L

log_density_condition1 (kompot.DifferentialAbundance attribute) log_density_condition2 (kompot.DifferentialAbundance attribute) log_fold_change (kompot.DifferentialAbundance attribute)

log_fold_change_direction (kompot.DifferentialAbundance attribute) log_fold_change_ptp (kompot.DifferentialAbundance attribute) log_fold_change_uncertainty (kompot.DifferentialAbundance attribute) log_fold_change_zscore (kompot.DifferentialAbundance attribute)

M

mahalanobis_distances (kompot.DifferentialExpression attribute) missing_fields (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute) module kompot.anndata.differential_abundance kompot.anndata.differential_expression kompot.utils

multi_volcano_da() (in module kompot.plot)

N

n_groups (kompot.SampleVarianceEstimator attribute)

O

overwritten_fields (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute)

P

params (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute) plot_gene_expression() (in module kompot.plot)

predict() (kompot.DifferentialAbundance method), [1] (kompot.DifferentialExpression method) (kompot.SampleVarianceEstimator method)

R

run_id (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute)

run_info (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute) RunInfo (class in kompot.anndata.utils)

S

SampleVarianceEstimator (class in kompot)

storage_key (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute)

V

variance_predictor1 (kompot.DifferentialExpression attribute) variance_predictor2 (kompot.DifferentialExpression attribute)

volcano_da() (in module kompot.plot) volcano_de() (in module kompot.plot)