Index _ | A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | R | S | T | U | V _ __init__() (kompot.anndata.utils.RunInfo method), [1] A adata (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] adjusted_run_id (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] allow_single_condition_variance (kompot.OutputSettings attribute) analysis_type (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] B batch_size (kompot.GPSettings attribute) build_graph() (in module kompot.utils) C call_args() (kompot.anndata.utils.RunInfo method), [1] cell_filter (kompot.FilterSettings attribute) check_representation (kompot.FilterSettings attribute) check_underrepresentation() (in module kompot), [1] cleanup() (in module kompot), [1] combine_with_internal (kompot.FDRSettings attribute) compare_with() (kompot.anndata.utils.RunInfo method), [1] compute_mahalanobis (kompot.OutputSettings attribute) compute_mahalanobis_distance() (in module kompot.utils) compute_mahalanobis_distances() (in module kompot.utils) copy (kompot.OutputSettings attribute) D da() (in module kompot) (in module kompot.anndata.differential_abundance) DAThresholdSettings (class in kompot) de() (in module kompot) (in module kompot.anndata.differential_expression) density_predictor1 (kompot.ModelSettings attribute) density_predictor2 (kompot.ModelSettings attribute) direction_barplot() (in module kompot.plot) disk_storage_dir (kompot.StorageSettings attribute) E embedding() (in module kompot.plot) environment (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] eps (kompot.GPSettings attribute) F FDRSettings (class in kompot) field_names (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] FilterSettings (class in kompot) find_landmarks() (in module kompot.utils) find_optimal_resolution() (in module kompot.utils) function_predictor1 (kompot.ModelSettings attribute) function_predictor2 (kompot.ModelSettings attribute) G get_data() (kompot.anndata.utils.RunInfo method), [1] get_field_status() (in module kompot), [1] get_summary() (kompot.anndata.utils.RunInfo method), [1] GPSettings (class in kompot) groups (kompot.FilterSettings attribute) H heatmap() (in module kompot.plot) I inplace (kompot.OutputSettings attribute) J jit_compile (kompot.GPSettings attribute) K kompot.anndata.differential_abundance module kompot.anndata.differential_expression module kompot.anndata.smooth module kompot.utils module L landmarks (kompot.GPSettings attribute) lfc_threshold (kompot.DAThresholdSettings attribute) ls (kompot.GPSettings attribute) ls_factor (kompot.GPSettings attribute) M max_memory_ratio (kompot.StorageSettings attribute) min_cells (kompot.FilterSettings attribute) min_percentage (kompot.FilterSettings attribute) missing_fields (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] model1 (kompot.ModelSettings attribute) model2 (kompot.ModelSettings attribute) ModelSettings (class in kompot) module kompot.anndata.differential_abundance kompot.anndata.differential_expression kompot.anndata.smooth kompot.utils multi_volcano_da() (in module kompot.plot) N n_landmarks (kompot.GPSettings attribute) null_expression (kompot.FDRSettings attribute) null_genes (kompot.FDRSettings attribute) null_mahalanobis (kompot.FDRSettings attribute) null_seed (kompot.FDRSettings attribute) O obs_variance_predictor1 (kompot.ModelSettings attribute) obs_variance_predictor2 (kompot.ModelSettings attribute) OutputSettings (class in kompot) overwrite (kompot.StorageSettings attribute) overwritten_fields (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] P params (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] plot_gene_expression() (in module kompot.plot) plot_smoothing() (in module kompot.plot) progress (kompot.OutputSettings attribute) ptp_threshold (kompot.DAThresholdSettings attribute) R random_state (kompot.GPSettings attribute) result_key (kompot.StorageSettings attribute) return_full_results (kompot.OutputSettings attribute) return_null_data (kompot.OutputSettings attribute) run_id (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] run_info (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] RunInfo (class in kompot.anndata.utils), [1] S sigma (kompot.GPSettings attribute) smooth_expression() (in module kompot) (in module kompot.anndata.smooth) storage_key (kompot.anndata.utils.RunInfo attribute), [1] StorageSettings (class in kompot) store_additional_stats (kompot.StorageSettings attribute) store_arrays_on_disk (kompot.StorageSettings attribute) store_landmarks (kompot.StorageSettings attribute) store_posterior_covariance (kompot.StorageSettings attribute) T threshold (kompot.FDRSettings attribute) to_settings() (kompot.anndata.utils.RunInfo method), [1] U use_empirical_variance (kompot.GPSettings attribute) V variance_predictor1 (kompot.ModelSettings attribute) variance_predictor2 (kompot.ModelSettings attribute) volcano_da() (in module kompot.plot) volcano_de() (in module kompot.plot)